XMLファイルを昔のINIファイルのように部分更新する方法はないものでしょうか。

ini ファイルにせよ xml ファイルにせよ、本質的には不定長のテキストファイルですから部分更新というのは不可能です。一旦全部読み取って変更する部分を変更して全部書き出す操作が必要です（まあ変更する部分まではそのまま残しておくでしょうけど）。
ini ファイルに対する API 関数群はその辺の処理を隠蔽しているだけです。
.NET で XML を修正するなら、XmlDocument.Load で読み込んで修正するところだけ修正して XmlDocument.Save で保存、でいいんじゃないですか？
XML のサイズがメガバイト単位になってくると考えどころかも知れませんが。XML で妥当なのかってところから。