winxp でvb6.0 sp3 です。
参照設定にC:/WINDOWS/system32/msvbvm60.dll/3って何でしょうか？
フォルダでもないし、dllでもないしそのようなものはありませんが
インストーラを作成するのに影響があるものでしょうか？
よろしくお願いします。

> winxp でvb6.0 sp3 です。

SPは最新のものにしておくべきかと。

> 参照設定にC:/WINDOWS/system32/msvbvm60.dll/3って何でしょうか？

msvbvm60.dllに含まれる3番目のタイプライブラリです。

参照設定できるタイプライブラリが1つのファイル内に複数ある場合
http://support.microsoft.com/kb/122285/en-us?fr=1
のように表記できます。