右上の「閉じる」ボタンを押さずにフォルダを閉じる方法をご教授ください。
フォルダを開く際には
Shell "rundll32.exe url.dll,FileProtocolHandler " & "A:",vbNormalFocus
で開いています。

> 右上の「閉じる」ボタンを押さずにフォルダを閉じる方法をご教授ください。

Quit メソッドで終了させる事が出来ます。

Dim o As Object
Set o = GetObject("new:{C08AFD90-F2A1-11D1-8455-00A0C91F3880}")
o.Navigate "A:\"
o.Visible = True
MsgBox "終了させます。", vbSystemModal
o.Quit


> Shell "rundll32.exe url.dll,FileProtocolHandler " & "A:",vbNormalFocus

もし、この方法で実行させなければならないのだとしたら、
ShellWindows コレクションから辿る必要があるかと。

Dim o As Object
For Each o In CreateObject("Shell.Application").Windows
    If TypeName(o.document) Like "*ShellFolder*" Then
        If o.LocationURL = "A:\" Or o.LocationURL = "file:///A:/" Then
            MsgBox "終了させます。", vbSystemModal
            o.Quit
        End If
    End If
Next