度々の質問恐縮ですが、

Select Case cmb.ListIndex
  
Case Is = 0
Call WritePrivateProfileString("Section1", "Key1", list.Text, App.Path& "\File.ini")
Case Is = 1
Call WritePrivateProfileString("Section1", "Key2", list.Text, App.Path& "\File.ini")
End Select

上のコードでSelect文とListIndexを使いインデックス番号と指定番号(キーの順番)が等しくなった時、その番号のキーの値を書き込みたいのですが、コンボ上で上書きしたらインデックス番号が-1になってしまいます。
これを防ぐ方法とかよろしければヒントを下さい。

ComboBoxに入力した内容をiniファイルに書き込みたいということでしょうか？
Combo1を作成後、以下のソースを試してみてください。
※iniファイルのバックアップ(コンボに入力された内容で書き換えるので)はとっておいてください。

Private priIndex As Integer

Private Sub Form_Load()
    Combo1.AddItem "Key1"
    Combo1.AddItem "Key2"
    Combo1.AddItem "Key3"
    
    Combo1.ListIndex = 0
End Sub

Private Sub Combo1_Click()
    priIndex = Combo1.ListIndex
End Sub

Private Sub Combo1_Change()
    Select Case priIndex
        Case 0
            Call WritePrivateProfileString("Section1", "Key1", Combo1.Text, App.Path & "\File.ini")
        Case 1
            Call WritePrivateProfileString("Section1", "Key2", Combo1.Text, App.Path & "\File.ini")
        Case 2
            Call WritePrivateProfileString("Section1", "Key3", Combo1.Text, App.Path & "\File.ini")
    End Select
End Sub

> Private Sub Combo1_Click()
>     priIndex = Combo1.ListIndex
> End Sub

この部分を追加したらすぐ解決しました。
全然思いつかない個所でしたので大変勉強になりました。

iniファイルには書き込む事は出来ていたのですが、どこを書き込んでも一番上の項目しか上書き出来なかったので、これでリストの中の指定した項目に書き込めば、指定した項目が上書きされるようになりました。

リルさん、有難うございます。大変助かりました。