VBランタイムをadministratorでインストールし、
administratorのままVB6のexeを起動すると正常に動くのですが、
その後、標準ユーザに切り替えてVB6のexeを起動すると、
実行時エラー'339'
コンポーネント'msflxgrd.ocx'、またはその依存関係のひとつが適切に登録されていません。
ファイルが存在しないか、あるいは不正です。
の実行エラーになってしまいます。
ユーザはNTドメインで管理されています。
ローカルにアドミン権限を持ったユーザを作成し、そのユーザでインストールを行うか、
レジストリのキーをフルアクセスにすれば解消できるのですが、
2つとも運用上問題があるので（ユーザにこのような作業をさせたくない）、
別の対処方法を考えているのですが見つかりません。
インストーラもいろいろ試してみましたが駄目でした。
何か良い方法をご存知でしたらお教えください。
よろしくお願いいたします。

Visual Studio Installerを使っている場合、デフォルトではユーザー単位での
インストールとなります。(Per-user installation)

PC単位のインストールモード(Per-machine installation)にするには、<Windows Installer SDK>に
付属する「ORCA」というツールを使って、データベースファイル(*.msi)を編集する必要があります。
(指定時には、大文字と小文字の違いに注意してください)

手順1. Visual Studio Installerで作成したmsiファイルを、Orcaで開く。
手順2. 左半分[Tables]にある[Property]という既存行を選択する。
手順3. 右半分を右クリックし、「Add Row」で行を新規追加し、[ALLUSERS]という名前にする。
手順4. [ALLUSERS]の「Value」に、以下の値(1または2)を入力する。

*1 を指定: 管理者権限があればPC単位、管理者権限が無ければインストールされない(エラー発生)。
*2 を指定: 管理者権限があればPC単位、それ以外はユーザー単位のインストールになる。
* 未指定 : ユーザー単位のインストールになる。

<Windows Installer SDK>が無い場合は、以下から入手してください。
http://www.microsoft.com/msdownload/platformsdk/sdkupdate/

解決できました！
Visual Studio Installerは使っていませんでしたが、
Visual Studio Installerに変更し、教えていただいた方法で設定するとうまくいきました。
本当に本当に感謝しています！ありがとうございました！