はじめまして、松風といいます。

マウスとキーボードの動きを保存してあるファイルを読み込んで
それをシミュレートするアプリケーションを作っています。
大体完成したのですが、一動作ごとにWaitを20ms程度入れないと
キーを押下してくれなかったりします。
できるだけWaitなしで正確に動くようにできないでしょうか？

シミュレートに使用しているのはkeybd_event, mouse_eventです。
ただkeybd_eventだけでは入力できないものもあるので、関数を自作して
引数に文字を指定した場合は現在フォーカスがある場所に
PostMessage(WM_CHAR)で文字を送って、キーコードを指定した場合は
keybd_eventでキーストロークを送るようにしています。

解決策をご存知の方、教えてください。

やっておられる事にもよるのでしょうが
keybd_event API では割り込みが入りますので、SendInput関数を使用して見ては
いかがでしょうか？
特にWin2000 以降はkeybd_event関数の代わりに SendInput を使ってくださいとの事です。（MSより）
(Win98でも使用可能です）
尚、SendInput関数でマウスの操作もできます。

サンプルは、ここの逆引きヘルプにもあります。

[キーストロークをシミュレート(押下げ・制御)する(SendInput関数使用)]
[マウスを指定場所に移動しクリックするSendInput　APIを使用]