プログラムうんぬん以前に、運用面でプログラム関係のファイルのフォルダとデータファイルのフォルダを別々に管理すべきかと思います。ごちゃまぜで管理するなら消したくないファイルと消してもよいファイルはいちいちチェックしながら消すしかないのでは。