Excelを複数起動している時は、タクスマネージャーで確認すると　
EXCEL.EXEがいっぱい表示されていて作業中のExcelを参照できません。

　　　　Set xlsAPP = GetObject(, "Excel.Application")
        Set xlsBook = xlsAPP.ActiveWorkbook
        Set xlsSheet = xlsBook.ActiveSheet
        Book_Name = xlsBook.Name  
        Sheet_Name = xlsSheet.Name  

色々試してみたのですが、Book_NameとSheet_Nameは
どうしても最初に起動したブック、シート名しか参照できません。

どうしてもあらかじめ複数Excelを起動してから目的別に個々のブックを参照したいのですが
いい方法があれば教えてください。

'どうしても最初に起動したブック、シート名しか参照できません。

目的別に分かれているBookの名前はわからないと厳しいかもね。

Public MyBook As Workbook
Public MySheet As Worksheet

    Set MyBook = Workbooks("Book1")　　　　'目的Book1
    Set MySheet = MyBook.Worksheets("Sheet1")

とかやれないからさ