APIを使えばシャットダウンは出来ます。で、自動起動はやったことはないですが無理だと思います。少なくともVBでは無理です(他でも無理だとは思いますが……)。そもそもOSが立ち上がってない状況でプログラムは走れないですからね。マシンを自動起動させるソフトって見たことありますか?